top of page

DIAGNÓSTICO MICROBIOLÓGICO DE NEUMONIA Y MANEJO ANTIMICROBIANO

Actualizado: 30 sept 2023





Ramiro Salazar Irigoyen

Médico Patólogo Clínico





La neumonía es una lesión inflamatoria del parénquima pulmonar causada por microorganismos que producen enfermedades agudas locales y sistémicas, con mayor gravedad en niños, ancianos e inmunodeprimidos.


Los síntomas pueden ser: debilidad, fiebre, tos, fatiga y dificultad para respirar. En algunos casos y en consideración a factores de riesgo como edad y tipo de germen causal, se presentan complicaciones como: derrame pleural, neumotórax, fístula broncopleural, absceso pulmonar, neumonía necrotizante o septicemia. Los mecanismos por los cuales los gérmenes llegan al tracto respiratorio inferior (TRI) son: la aspiración del microbiota de la orofaringe (neumonía por Streptococcus pneumoniae y neumonía nosocomial por bacilos gramnegativos), inhalación de microorganismos aerosolizados (neumonías atípicas) y por diseminación sanguínea desde un foco infeccioso (pacientes en hemodiálisis o usuarios de drogas por vía parenteral).


Debido a la similitud de síntomas en la etiología de infecciones de origen viral o bacteriana, es complicado realizar un diagnóstico basado en los cuadros clínicos, por lo que se precisa de métodos diagnósticos microbiológicos, pero existen limitaciones por la dificultad del aislamiento del agente causal y la difícil valoración de los microorganismos aislados en relación con su significación clínica. El diagnóstico microbiológico en el 40-60% de los casos no logra aislar el agente causal por la baja sensibilidad de los cultivos o por la contaminación de las muestras con microbiota colonizadora del tracto respiratorio superior o por la dificultad de crecimiento de algunos microorganismos que requieren procedimientos especiales para su detección.


El Laboratorio de Microbiología, en la ayuda diagnóstica de neumonías, sólo puede establecer un diagnóstico de presunción, puesto que S. pneumoniae, S. aureus, H. Influenzae o las enterobacterias forman parte de la flora orofaríngea y su presencia en muestras respiratorias bajas puede ser por una colonización traqueal o una contaminación orofaríngea.


Es necesario apoyarse con otras técnicas diagnósticas como los antígenos contra neumococo que pueden detectarse durante la infección activa en esputo, líquido pleural, suero y orina con algunas ventajas como la rapidez, pero la sensibilidad varía del 50 a 80%, con una especificidad mayor de 90% en adultos, pero con la desventaja de no contar con estudio de sensibilidad que permita un tratamiento antibacteriano de certeza. Además, en algunos casos las pruebas serológicas requieren la seroconversión, por lo que resultan tardías y sin utilidad para la toma de una conducta antibacteriana inmediata.


La positividad del hemocultivo para neumonías bacterianas es apenas del 3 y 10 %, por lo que se recomienda repetirlo en dos ocasiones durante el período febril.


Las muestras utilizadas para ayuda diagnóstica de neumonías son:

ESPUTO: es una muestra no invasiva sin riesgo alguno para el paciente, pero tiene un alto grado de contaminación con microbiota normal del tracto respiratorio superior y si el transporte es inadecuado o tardío permite la proliferación de bacterias dificultando su correcta interpretación.

Se determina si una muestra corresponde a esputo si tiene más de 25 polimorfonucleares por campo y menos de 10 células epiteliales visualizados con un aumento de 100x. y si en el cultivo en agar sangre el germen identificado es único y la cantidad es igual o superior a 105 ufc/ml, el paciente tiene alta probabilidad de neumonía por el germen identificado y se procede a realizar antibiograma.

LAVADO BRONCO ALVEOLAR: también puede contener flora contaminante, pero en menos grado que el esputo. Se recolecta y traslada la muestra de manera inmediata al laboratorio en un recipiente conocido como trampa o sifón de Lukens. Se considera de importancia diagnóstica si el contaje es igual o superior a 104 ufc/ml

CEPILLADO BRONQUIAL: Esta técnica se la considera la más adecuada para estudios microbiológicos por su escasa o nula contaminación con gérmenes del tracto superior. Tiene importancia si el germen está en cantidades iguales o mayores a 103 ufc/ml

BIOPSIA PULMONAR: es la técnica más invasiva y se la realiza a cielo abierto por cirujanos o por aspiración pulmonar percutánea o pulmonar transbronquial. Solo está indicada para el diagnóstico de infecciones virales graves como neumonía por Herpes simple o Pneumocystis carinii u otras neumonías de difícil diagnóstico o con alta mortalidad. El germen identificado -si lo hubiera- no requiere ser cuantificado. Cualquier cantidad de gérmenes debe ser interpretada como causa de infección.

LÍQUIDO PLEURAL: este líquido se lo toma mediante una toracocentesis y permite no solo el diagnóstico de enfermedades infecciosas sino también diferenciar trasudados y exudados acompañados de otros estudios bioquímicos y de recuento hematológico. Para evitar la coagulación del líquido se lo extrae en un tubo que contenga heparina (tubo tapa verde), no coloque la muestra en tubo tapa lila ni tubo tapa celeste porque contienen anticoagulantes como EDTA y oxalato de calcio respectivamente y éstos son inhibidores de bacterias y pueden causar resultados falsos negativos. La muestra debe ser transportada rápidamente al laboratorio y de no ser posible mantener en ambiente fresco, sin refrigerar.


Criterios para la interpretación de los resultados


Para una correcta interpretación de los resultados obtenidos en los cultivos se valorarán e identificarán los microorganismos no pertenecientes al microbiota normal, como S. pyogenes, estreptococos del grupo B en neonatos, Bordetella, M. pneumoniae, C. pneumoniae, Legionella, Nocardia, etc.


En pacientes con bronquiectasias o fibrosis quística, se considerarán de importancia clínica los microorganismos que estén presentes de forma predominante en el Gram de la muestra y con crecimiento en cantidades significativas en los cultivos como: S. pneumoniae, H. influenzae, M. catarrhalis, P. aeruginosa, S. maltophilia, Acinetobacter spp. y Burkholderia spp., S. aureus, estreptococos betahemolíticos (grupos B, C o G), bacilos gramnegativos en especial K. pneumoniae, especies de Corynebacterium.


No se debe interpretar como positivos el crecimiento de más de un tipo de bacilos gramnegativos, ni Haemophilus parainfluenzae y Streptococcus betahemolíticos del grupo F, ni las especies de Candida excepto en los pacientes inmunodeprimidos y neonatos.


La coloración de Gram de muestras respiratorias no es confiable para reducir esquemas antibióticos dado que presentaba una sensibilidad y una especificidad baja de alrededor del 75%.

Por estas limitaciones del laboratorio de Microbiología, las infecciones de las vías respiratorias inferiores se encuentran entre aquellas en las que el uso inadecuado de antimicrobianos es frecuente sobre todo en la neumonía adquirida en la comunidad, lo que puede asociarse a un alto costo, a la presión de selección de cepas resistentes, a diarrea por Clostridiodes difficile y en algunos casos a una importante toxicidad.


Frente a esta problemática es fundamental contar con una prueba diagnóstica que sea sensible y específica. Uno de los sistemas que cumple con estas indicaciones más la rapidez en el diagnóstico es el panel neumonía FilmArray, que es una prueba multiplex de ácidos nucleicos para la detección e identificación simultáneas de múltiples ácidos nucleicos virales y bacterianos respiratorios, así como de determinados genes de resistencia a los antibióticos, en muestras como esputo, aspirados endotraqueales, lavado broncoalveolar obtenidas de personas con indicios de infección de las vías respiratorias inferiores.


Un diagnóstico rápido de la neumonía que permita establecer si la misma es de causa viral o bacteriana puede ayudar en el control de la infección, iniciar tratamientos específicos (por ejemplo, si se detecta influenza puede administrarse osetalmivir), reducir pruebas adicionales como la detección de antígenos, acortar estancias hospitalarias y consecuentemente reducir costos generales de atención sanitaria.


Otra ventaja del estudio molecular es la detección de microorganismos que presentan dificultades para ser diagnosticados en muestras respiratorias como M. pneumoniae, C. pneumoniae y L. pneumophila.


En el caso de hallazgo de bacterias como agente causal también es importante evitar el uso innecesario de antibióticos de amplio espectro, si existen alternativas con menor impacto, pero para ello es fundamental conocer la epidemiología local, para el mejor uso de los tratamientos empíricos, mientras se reciben los resultados del cultivo y las pruebas de sensibilidad que no se deben descartar, sino más bien ser complementarias.


También se puede detectar mecanismos de resistencia crítica principalmente CTX-M, cuyo hallazgo se evaluaría como cepa productora de betalactamasa de espectro extendido, con lo cual se recomienda el NO uso de cefalosporinas ni aztreonam o genes de resistencia de carbapenemasas que impide el uso de carbapenémicos; sin embargo podría haber discrepancias con respecto al estudio de sensibilidad por métodos fenotípicos porque no todos los genes de resistencia podrían estar expresados o la concentración inhibitoria mínima (CIM) obtenida in vitro podría corresponder a la categoría de sensibilidad, porque la cepa podría necesitar además de otros mecanismos adicionales de resistencia como eflujo o impermeabilidad (bacilos gram negativos) para volverse resistente. En cualquier caso, la detección de genes CTX-M o carbapenemasas tienen un alto valor predictivo de resistencia a betalactámicos y carbapenémicos, respectivamente.


El diagnóstico molecular debe ser complementado con la microbiología tradicional porque la coloración de Gram pese a su discutible sensibilidad permite decidir qué muestras por su número de polimorfonucleares y células epiteliales (calidad citológica), vale la pena hacer biología molecular y por otro lado, el cultivo es indispensable para conocer la Concentración Mínima Inhibitoria (CIM) del agente infeccioso y ajustar los tratamientos.

En el artículo “Utilidad del panel de PCR multiplex en el diagnóstico microbiológico temprano y adecuación antimicrobiana en pacientes críticos con neumonía” Vol. 38 Núm. 2 (2022): Revista Médica del Uruguay, los autores concluyen que “La técnica de PCR permite la identificación temprana de microorganismos causantes de neumonía optimizando la terapéutica empírica inicial y racionalizando el uso de antimicrobianos. Un panel negativo aleja el planteo de infección respiratoria a gérmenes habituales y permite considerar diagnósticos diferenciales en cuanto a foco y/o etiología”.


En otros estudios coincide el hecho de que la causa de neumonía nosocomial podría deberse a más de un patógeno, así por ejemplo Jamal et al. usaron una PCR múltiple (Curetis Unyvero, EE. UU.) para el diagnóstico de neumonía nosocomial y sobre 49 pacientes en comparación con el cultivo, encontraron más de una bacteria en 27 (55%) con PCR y en 4 (8%) con cultivo. Este equipo también detecta hasta 22 genes de resistencia y su reporte llevó a cambios en el tratamiento empírico en 33 (67%) de los casos en 5-6 h.


Podemos concluir que un diagnóstico microbiano temprano de las neumonías tanto nosocomiales como comunitarias, así como la detecciónde genes de resistencia, que permitan un tratamiento más rápido, tiene no soloimportancia médica, sino tambiénepidemiológica y económica por la reducción de estancia hospitalaria, pero no se debe descartar como pruebas importantes la coloración gram, cultivos y pruebas de sensibilidad; sin embargo la decisión de utilizar como prueba de ayuda diagnóstica solamente el cultivo tradicional o las pruebas moleculares de inicio dependerá de la gravedad del cuadro, los factores de riesgo y enfermedad de base del paciente.

151 visualizaciones0 comentarios

Entradas Recientes

Ver todo
bottom of page